Zum Vorwurf der Aktenvernichtung merkte Laubenthal an, dass Pfeiffer als Leiter des Projektes die Vorwürfe nicht konkretisiert habe. Das Kirchenrecht schreibe vor, dass Akten von Strafverfahren bezogen auf Sittlichkeitsverbrechen, die zu einer Verurteilung geführt haben, "nach Ablauf von zehn Jahren zu vernichten sind". Allerdings stehe in der Bestimmung auch, dass Tatbestandsbeschreibungen aufzuheben seien. Zeitlich ebenfalls unbegrenzt aufzubewahren sei auch der Wortlaut des Endurteils. "Für eine Studie sind zureichend Unterlagen auch bei diesen Konstellationen vorhanden."
Was den Komplex sexuellen Missbrauchs angehe, ist die Kirche nach Meinung des Strafrechtlers auf einem guten Weg. Sie sei eine der wenigen Organisationen, die sich intensiv mit diesem Thema auseinandersetze. Laubenthal ist auch Missbrauchsbeauftragter der Diözese Würzburg.
Auch Laubenthal ging mit dem Kirchenkritiker ins Gericht. „Pfeiffer hat versucht, seine Frustration über sein persönliches Scheitern als Leiter dieser Studie zu kompensieren mit abträglichen Vorwürfen zum Nachteil der Kirche. Im Gegensatz zu seiner wissenschaftlichen Leitungsleistung dieses Projekts ist ihm das gelungen“, sagte er der Fernsehredaktion des Bistums.
Die Bischofskonferenz hatte behauptet, es habe im Juni 2012 eine Einigung mit Pfeiffer über die Nachbesserung des Vertrages gegeben. Diese Behauptung will der Kriminologe den Bischöfen nun per Gerichtsentscheid verbieten lassen.
