Im Schreibtisch von Müllers Verwaltungschef Mauro Ugolini sollen die Fahnder laut einem Bericht der "Bild"-Zeitung hinter einer alten Dose Wiener Würstchen einen Stapel Banknoten gefunden haben. Vatikan-Sprecher Federico Lombardi erklärte zu dem Vorfall, in der Glaubenskongregation im Vatikan habe es "Unregelmäßigkeiten in der Verwaltung" gegeben. Kardinal Müller habe aber mit der ganzen Sache überhaupt nichts zu tun gehabt, so Lombardi laut Radio Vatikan.
Lombardi und Müller reagierten damit auf den "Bild"-Artikel, in dem behauptet wird, der Präfekt der Glaubenskongregation habe mit den Behörden nicht zusammenarbeiten wollen und sich geweigert, der Finanzaufsicht Unterlagen auszuhändigen. Deshalb hätten die Behörden sich für eine Hausdurchsuchung entschieden.
Der 67-jährige Müller ist als Chef der Glaubenskongregation zuständig für Missbrauchsfälle und deren Aufarbeitung. Die "Bild"-Zeitung berichtete, die jetzt beschlagnahmte Summe stamme aus Gebühren, die der Kongregation für ebendiese Aufgabe aus den verschiedenen Diözesen überwiesen werden.
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Mit den Vorgängen in der Glaubenskongregation vertraute Geistliche bezweifelten, dass Gebühren für Missbrauchsverfahren als Bargeld in der Kongregation gelagert würden. Allerdings würden sogenannte Gerichtsgebühren auch bei Missbrauchsverfahren erhoben, für die die jeweiligen Diözesen zuständig seien. Diese Bearbeitungsgebühr beliefe sich auf eine Größenordnung von etwa 100 Euro pro Verfahren. Wie der Vatikan im Jahr 2014 bekannt gab, seien in den vergangenen zehn Jahren weltweit rund 3400 glaubwürdige Beschuldigungen gegen Täter eingegangen. In vielen Fällen leitete die Glaubenskongregation ein Disziplinarverfahren ein.